差额预算单位指以收抵支并实施差额预算办理的预算内事业单位，与全额预算单位相对应。建立差额预算单位的本质在于由出入大于开销的事业单位将两者之间的差额上缴国家，然后由国家进行预算分配并拨款补助少量开销大于收入的单位，国家只将差额补助或差额上缴数额归入财务总预算，一起对差额单位的悉数出入进行全额办理。
差额预算单位的内部预算办理办法最重要的包括全额办理和定额补助、全额办理和定项补助、全额办理和差额补助三种办法。
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